پژوهشکده حوزه آبی دریای خزر جهت تقویت ظرفیت علمی و پژوهشی اساتید و محققین دانشگاه گیلان در رابطه با مسائل آبی حوضه دریای خزر در سال 1385 و در جریان سفر هیأت دولت به استان گیلان مورد تصویب قرار گرفت.
این پژوهشکده در قالب محورهای پژوهشی علوم و فنون ساحلی و دریایی ، فیزیک و شیمی دریا، هیدرولوژی و ابزیان، محیط زیست و اکوسیستم دریا، مدیریت کمی و کیفی منابع آبی حوضه دریای خزر و مهندسی رودخانه و مصعب ها و رژیم حقوقی و مطالعاتی فرهنگی - اجتماعی خزر می باشد.
شایان ذکر است دکتر کامبیز طاهری عضو هیأت علمی دانشکده منابع طبیعی دانشگاه گیلان از سال 1385 ریاست این پژوهشکده را بر عهده داشت.
هم اکنون دکتر مهدی اسماعیلی ورکی عضو هأت علمی دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه گیلان سرپرستی این پژوهشکده را بر عهده دارد.