دكتر جعفر توفيقي در  اولين نشست روساي دانشگاهها و مراكز پژوهش و فناوري در دولت يازدهم كه بمناسبت تبادل نظر براي آغاز بهتر سال تحصيلي دانشگاهها در سازمان پژوهش  هاي علمي و صنعتي ايران برگزارشد با اشاره به اينكه مقام معظم رهبري گفتمان علم را گفتمان مسلط جامعه قرار داده اند بر ضرورت تداوم مسير پيشرفت هاي علمي كشور با تكيه بر فرمايشات ايشان و عمل به  اسناد بالادستي تاكيد كرد.
وي افزود : مقام معظم رهبري در ديدار اخير با هيئت دولت دو اولويت اصلي كشور را،  "علم" و "اقتصاد" اعلام كردند و در اولويت اقتصادي نيز بر استفاده از توان علمي  نهادهايي نظير شركت هاي دانش بنيان تاكيد فرمودند.
دكتر توفيقي ضمن اشاره به فرمايش رهبر معظم انقلاب در ديدار با هيئت دولت مبني بر تكميل زنجيره ايده تا محصول گفت : همان طور كه ايشان فرمودند بايد علم را به فناوري و  فناوري  را به محصول تبديل كرده و براي محصول نيز بازاريابي كنيم.
سرپرست وزارت علوم، تحقيقات و فناوري با اشاره به خرسندي مقام معظم رهبري از وضعيت علمي كشور اين نكته را كه دانشگاهيان ما پرچم سربلندي كشور را برافراشته و اقتدار ملي و بين المللي كشور  را موجب شده اند مايه افتخار و غرور دانست.
وي گفت : در  تمام حوزه هاي  اقتصادي ، فرهنگي ، سياسي و نظامي اگر موفقيتي نصيب كشور شده به پشتوانه علم و فناوري بوده  و اين امر مسئوليت ما را در دانشگاهها و وزارت علوم سنگين تر مي كند.
دكتر توفيقي ضمن اشاره به اينكه دانشجويان مهمترين سرمايه هاي انساني كشور هستند بر ايجاد محيطي آرام ، توام با خرد ورزي ، آزاد انديشي و پرسشگري كه در اسناد بالادستي همچون سند اسلامي شدن دانشگاهها  آمده است تاكيد كرده و آن را نشانه اعتماد كامل كشور به فرزندان خود در دانشگاهها اعلام كرد.
سرپرست وزارت علوم، تحقيقات و فناوري با اعلام اينكه در قانون برنامه چهارم و پنجم توسعه بر استقلال دانشگاهها  تاكيد شده گفت : ما به عنوان وزارت علوم بايد وظيفه سياستگذاري كلان  ، نظارت ، پشتيباني و ارزيابي را برعهده داشته باشيم و دانشگاهها در امور جاري خود استقلال داشته باشند .
وي گفت : زبده ترين افراد در دانشگاهها قرار دارند لذا ما بايد از توان اعضاي هيات  علمي براي تصميم سازي استفاده كرده و  با افزايش مشاركت آنان در فرايندهاي تصميم سازي ، كيفيت و اجراي مطلوب طرحها را تضمين كنيم.
دكتر توفيقي افزود : براي مثال آزمون نيمه متمركز دكتري براي دو  سال در دانشگاهها برگزارشد و الان مي توانيم با استفاده از نظرات اعضاي هيات علمي و دانشجويان و خرد جمعي براي تداوم يا اصلاح ان تصميم گيري كنيم .
سرپرست وزارت علوم با اشاره به اينكه نخبگان كشور در مراكز مختلفي نظير شوراي عالي انقلاب فرهنگي ، مجلس شوراي اسلامي ، معاونت علمي رياست جمهوري   و وزارتخانه هاي علوم و بهداشت و درمان در حوزه آموزش عالي و علم و پژوهش تصميم گيري كرده و بعضا فعاليت اجرايي نيز مي كنند بر لزوم هماهنگي و هم افزايي بيشتر اين مراكز تاكيد كرد.
وي گفت : در برهه اي از زمان گذشته ، دانشگاهها در حاشيه بوده و علم و فناوري كه محدود به آموزش مي شد در انزوا قرار  اشت ولي امروزه علم و فناوري گفتمان مسلط جامعه است لذا بايد با استفاده از اين فرصت براي تحقق اهداف آموزش عالي در اسناد بالادستي تلاش كنيم.
دكتر توفيقي افزود: در سياستهاي كلي نظام ، سند اسلامي شدن دانشگاهها و نقشه جامع علمي كشور 25سرفصل ، 140راهبرد و 600اقدام براي مجموعه آموزش عالي كشور پيش بيني شده است كه براي عمل به آنها مشاركت همه دانشگاههاو توجه به خرد جمعي لازم است.
سرپرست وزارت علوم ضمن تاكيد مجدد بر ضرورت تداوم دستاوردهاي امروز دانشگاهها و مراكز پژوهشي گفت : در چهار سال آينده بايد دانشگاهي داشته باشيم كه ماموريت گرا بوده و در راستاي رفع نيازهاي كشور حركت كند  و فارغ التحصيلان آن بيشترين تعداد شاغلان كشور بوده و بيشترين تاثير را در اقتصاد كشور داشته باشند.
وي اظهار داشت : با توجه به بحث كيفيت و انجام ارزيابي هاي دروني و بيروني بايد دانشگاههاي ما مسير خود را در كسب جايگاههاي بالا در رتبه بنديهاي جهاني ادامه داده و  در سطح دنيا طراز اول شوند.
دكتر توفيقي گفت : بايد در كنار استفاده از بودجه عمومي دولت تلاش كنيم راههاي ديگري براي افزايش درآمدهاي دانشگاه پيدا كنيم كه بحث ارتباط با صنعت يكي از اين مسيرها مي باشد.